Как и для всей страны, военные годы стали для фабрики им. Бабаева временем суровых испытаний. Многие рабочие, мастера, руководители фабрики ушли на фронт. Среди них были такие известные в кондитерской промышленности работники, как М.Е. Евстигнеев, В.И. Гордеев, М.А. Колганов, М.Я. Самойлов, С.В. Малахов и многие другие.

В конце 1941 г. часть оборудования предприятия была эвакуирована в Казахстан, а в Москве фабрика перестраивала свою работу, приспосабливаясь к нуждам фронта и тех, кто с удвоенной энергией трудился в тылу.

В сентябре 1941 года был пущен в эксплуатацию цех пищевых концентратов, который производил ежедневно до 30 тонн брикетов каш (пшенной, гречневой, рисовой). В том же году был создан и цех боеприпасов, который выпускал пламягасители и флегматизаторы для артиллерийских и танковых орудий, запалы для гранат.

В начале 1942 года заработал дрожжевой цех, рассчитанный на обеспечение населения пищевыми белковыми дрожжами. Выпускали прессованные дрожжи и дрожжевое молоко. Бабаевцы, как и все москвичи, питались в то время на продовольственные талоны, и существенным подспорьем для них был бесплатный дрожжевой суп, не очень вкусный, но питательный, богатый витаминами и калориями. Постепенно для действующей армии был налажен выпуск конфет со спиртом, а для населения - сладкой воды с сахарином.

В зимние месяцы фабрика испытывала большую потребность в топливе. Десятки работниц фабрики заготавливали дрова на лесозаготовках, часто перевыполняя норму в 2,5 м3 для лесоруба-мужчины. Весной 1942 года несколько женских бригад были отправлены на лесозаготовки в Рязанскую область. Только через четыре месяца девушки вернулись на фабрику, выполнив за этот срок работы, запланированные на полгода. Выезжали фабричные бригады и в Архангельскую область заготавливать лес для тары. Жили в холодных бараках, питались «болтушкой» из отрубей, но задание выполнили. Недалеко от фабрики, в помещении средней школы, был организован госпиталь, в который поступало много тяжелораненых. Скольких из них выходили, скольких спасли работницы фабрики, спеша сюда после смены, дежуря в палатах, перевязывая, обихаживая раненых, читая им книги, скольким вернули надежду и жажду к жизни, подарив свое душевное тепло и свою веру в близость победы! Бойцы выздоравливали, уезжали на фронт, но дружба их с работницами фабрики сохранялась через письма, которые теперь бережно хранятся в музее «МИШКА».

В 1943 году по инициативе бабаевцев проводился сбор средств на постройку бронепоезда «Московский железнодорожник». Бабаевцы внесли на его строительство 1 миллион 170 тысяч рублей и получили почетное право вручить этот бронепоезд 129-й подшефной дивизии.

Бабаевцы не только ковали победу в тылу, но и боролись с врагом на Лениградском фронте, под Сталинградом и Кенигсбергом. Ни на один день не прерывалась связь фабрики с работниками предприятия, ушедшими на фронт. Но не все вернулись с поля боя на родное предприятие. 65 человек погибли, защищая Родину.

Среди погибших – Гриша Гуреев, его трудовой путь на фабрике, где работали его родители, начался сразу после окончания 8 классов. И вот война. Григорий стал танкистом. Военные дороги привели его в степи Дона. Здесь командир танка, младший лейтенант 237-го гвардейского танкового батальона Г.Гуреев совершил подвиг, о котором в свое время писали на страницах центральной прессы и упоминал в своих мемуарах маршал Г.К. Жуков.

В ноябре 1942 года на подступах к городу Калачу завязались ожесточенные бои. Гитлеровцы любой ценой старались остановить наступление советских войск и закрепиться на восточном берегу Дона. Бои продолжались несколько дней. На прорыв обороны противника были брошены танки. Не щадя жизни, дрался с врагом экипаж танка 22-летнего Гриши Гуреева. Подполковник Филиппенко приказал его машине помешать отходу гитлеровских автоколонн на запад. Танк Гуреева, догнав за Калачом автоколонну, на бешеной скорости врезался в нее. Молодые танкисты даже не думали, что силы неравные. Ствол танка поворачивался то направо, то налево, хрустело под гусеницами ломающееся железо... Вдруг танк вздрогнул и остановился. Едкий дым стал наполнять внутренность машины. Это снаряд попал в бак с горючим. Гриша Гуреев обратился по радио к своим: «Товарищи! Это я Гриша Гуреев. Мой танк горит. Пока дышим, будем драться! Бейте по вражеской автоколонне... севернее Калача... Два километра... Товарищ Филиппенко, будете живы, передайте в Москве привет моей маме... Адрес есть в штабе... Мои товарищи тоже просят написать к ним домой. Прощайте, друзья!». Так, геройски, не сдавшись врагу и вызвав огонь на себя, погиб экипаж «веселого москвича» Гриши Гуреева.

Сегодня этот танк, высоко поднявшись над могильным холмом, стоит теперь в центре города, в боях за который погиб Григорий Гуреев. Сам он похоронен здесь же. На его могиле всегда живые цветы.

Бабаевцы свято хранят в памяти имена не вернувшихся товарищей. Имена погибших за Родину высечены золотыми буквами на мемориальной доске во дворе фабрики. Она была открыта в канун 30-летия победы над фашистской Германией.

Отношение бабаевцев к Великой Отечественной войне очень проникновенно и лирично отразил в своих стихах фабричный поэт, ветеран войны Николай Сарапкин, который служил до последнего дня войны и с победой вернулся в коллектив предприятия:
Я был частицей того ветра,
Что смел врага с земли родной.
Был первый шаг не больше метра,
А дальше мерился верстой.
Я был кусочком малым сплава,
А этот сплав — родной народ.
Всегда несет знамена славы
Он, несгибаемый, вперед!